Свободата на вероизповеданието и религиозната толерантност са основни ценности, съществуващи във всяка европейска страна, но въпреки това актовете на дискриминация въз основа на религия все още не са изчезнали. Религиозната нетолерантност често е свързана с расизма и ксенофобията, в частност с антисемитизма и ислямофобията. Докато в миналото Европа се характеризираше с конфликти и дискриминация на протестанти или католици, западно и източноправославни или „официални“ църкви и еретици, днес политическите различния сред християнските вероизповедания са доста по-маловажни. В същото време редица религиозни общности, които са в малцинство, продължават да процъфтяват в цяла Европа, включително бахайци, будисти, християни, хиндуиси, евреи, мюсюлмани и растафарианци. Това разрастващо се религиозно разнообразие често бива игнорирано, както и милионите европейци, които не са религиозни.

Религиозната нетолерантност и дискриминацията често са свързани с расизма и ксенофобията и следователно може да включва няколко вида дискриминация.